Algunos supuestos en los que no se aplica la compensación universal
No se podrán compensar bajo el esquema de compensación universal, entre otros, los siguientes supuestos:

Contribuciones federales
Retenciones de iva
Compensación de iva contra iva
Saldos a favor de ieps 
Subsidio al empleo o crédito al salario pendiente 
Diferencias a favor de asalariados
Crédito diesel
Suministro de agua para uso doméstico
Prescripción de créditos fiscales
Compensación de impuestos retenidos en exceso 
Excedentes de isr del Impac Contribuciones federales
No procede la compensación universal de saldos a favor que se deriven de impuestos federales contra las siguientes contribuciones:
- Las aportaciones de seguridad social.
- Las contribuciones de mejoras.
- Los derechos.
- Los productos y aprovechamientos.
Retenciones de IVA
En ningún caso se pueden compensar contra otros impuestos federales, las retenciones de IVA a que se refiere el
artículo 1-A de la Ley del Impuesto al Valor Agregado, a cargo de los contribuyentes.
Compensación de IVA contra IVA
Tampoco se pueden compensar los saldos a favor de IVA, contra las cantidades que resulten a cargo de este mismo impuesto, es decir, IVA contra IVA.
Saldos a favor de IEPS
Tratándose de saldos a favor a que se refiere la Ley del Impuesto Especial sobre Producción y Servicios, únicamente se podrán compensar contra el mismo impuesto a cargo de los contribuyentes, es decir, no procede la compensación contra otros impuestos federales.
Subsidio al empleo y crédito al salario
Los saldos a favor de subsidio al empleo o crédito al salario pendiente de aplicar no son susceptibles a la compensación universal, en virtud de que no son un impuesto, un saldo a favor o pago de de lo indebido, es decir, se trata de cantidades entregadas a los trabajadores conforme a lo que se establece en el
artículo Octavo, Tercero fracción VI de las Disposiciones Transitorias de la Ley del Impuesto sobre la Renta de 2008 y el
artículo 115 de la misma ley vigente hasta el 2007.
Diferencias a favor de asalariados
Las diferencias a favor de retenciones del ISR por concepto de salarios, no se pueden compensar contra otros impuestos federales, en virtud a que los retenedores de conformidad con el
artículo 116 de la Ley ISR, deben de efectuar la compensación de la diferencia que resulte a favor del asalariado contra la retención del mes de diciembre y las retenciones sucesivas del mismo, o compensar los saldos a favor de un asalariado contra las cantidades retenidas a las demás personas a las que les hagan pagos por salarios, siempre que se trate de trabajadores que no estén obligados a presentar declaración anual y el retenedor recabe la documentación que compruebe las cantidades compensadas entregadas al trabajador con saldo a favor.
Crédito diesel
No resulta procedente la compensación universal del crédito diesel, contra otros impuestos federales, en virtud de que no se trata de un saldo a favor ni de un pago de lo indebido.
Suministro de agua para uso doméstico
No son susceptibles a compensar contra otros impuestos federales, los saldos a favor de IVA, derivados de la prestación de servicios por el suministro de agua para uso doméstico, en virtud de que se trata de cantidades devueltas a los contribuyentes y que se destinan para la inversión en infraestructura hidráulica o al pago de Derechos Federales establecidos en los artículos
222 y
276 de la Ley Federal de Derechos.
Prescripción de créditos fiscales
Los créditos fiscales se extinguen por prescripción en el término de cinco años. Por lo tanto, no se podrán compensar las cantidades cuando haya prescrito la obligación para devolverlas.
Compensación de impuestos retenidos en exceso (pago indebido)
No resulta procedente la compensación universal de los impuestos retenidos en exceso (pago indebido), ejemplo, los retenidos por concepto de honorarios y arrendamiento, contra otros impuestos federales a cargo del propio retenedor, toda vez que la compensación o devolución de dichas cantidades corresponden a las personas a las que les fueron retenidas las contribuciones de que se trate.
Excedentes de ISR del IMPAC
Los saldos a favor o remanentes de ISR que excedan del IMPAC en el ejercicio, no son susceptibles a la compensación universal, contra otros impuestos federales, en virtud de que no se trata de un saldo a favor ni pago de lo indebido; sin embargo, sí le es aplicable el tratamiento establecido en el artículo
Tercero Transitorio de la Ley del Impuesto Empresarial a Tasa Única para 2008.