El SATestá integrado por una Junta de Gobierno que constituye su órgano principal de dirección, por las Administraciones Generales y Unidades que lo conforman y por un Jefe que es nombrado y removido por el Presidente de la República. El Jefe del SAT es el enlace entre la institución y las demás entidades gubernamentales tanto de carácter federal y estatal como municipal, y de los sectores social y privado en las funciones encomendadas al propio Servicio de Administración Tributaria.

Por su parte, la Junta de Gobierno del SAT estará integrada por:

• El titular de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, quien la presidirá
• Por tres consejeros elegidos por el Secretario de Hacienda de entre los empleados superiores de Hacienda
• Por tres consejeros independientes designados por el Presidente de la República, debiendo haber sido dos de ellos propuestos por la Reunión Nacional de Funcionarios Fiscales en los términos de la Ley de Coordinación Fiscal

Los nombramientos deberán recaer en personas que cuenten con amplia experiencia en la administración tributaria, federal o estatal, y sean reconocidas por sus conocimientos, honorabilidad, prestigio profesional y experiencia para contribuir a mejorar la eficacia de la administración y la atención al contribuyente.

El patrimonio del SAT se conforma con los recursos financieros y materiales, que en su momento le transfirió la Subsecretaría de Ingresos y con los que anualmente recibe a través de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, en su carácter de coordinadora sectorial.